Действие Alpha Protocol разворачивается в современном мире. Выступив в роли американского спецагента, которому поручено выяснить, кто и зачем сбил ракетой совершавший коммерческий рейс авиалайнер, игрокам предстоит разобраться в хитросплетении политических интриг и заговоров, чтобы предотвратить назревающий международный конфликт.

Инновационные элементы ролевой системы и системы диалогов Alpha Protocol позволят не только полностью контролировать развитие главного героя, его действия и поведение, но и определять отношение к другим персонажам и ко всему происходящему, что окажет существенное влияние на ход событий. Современная боевая система рассчитана на быстрое принятие решений, что обеспечивает динамику игрового процесса. Все это в совокупности с тщательно продуманным сюжетом, который может соперничать с лучшими произведениями в жанре шпионского боевика, а также детально проработанным виртуальным миром, где обеспечивается полный эффект присутствия, позволяет назвать Alpha Protocol ролевой игрой нового поколения.